棉花根系較深，短期積水對植株不會造成較大的傷害，長時間積水會對根系造成嚴重傷害，并由此嚴重影響棉花的正常生長發育，直至死亡。澇災發生后要采取以下管理措施：

及時排除積水棉田淹水后，首先要及時排除田間積水，同時將淤塞的支溝、毛溝進行清理，降低地下水位，以利棉株恢復生長。遭遇大面積強降水，開挖和疏通排水溝渠是抗災防澇的前提。

及時扶苗要邊退水邊扶苗，將棉葉、莖稈上的淤泥清洗干凈，使棉葉盡快恢復正常的呼吸和光合作用。如退水過快，無水可洗時，可采用噴霧器淋洗。對水淹后東倒西歪的棉株，要小心地將棉株扶正，并培土穩棵，使植株直立生長，以改善棉田的通風透光條件。

及時中耕松土棉田積水后土壤易板結，惡化根系環境，因此，排水后宜及早中耕，以改善土壤通透性，促進根系發育。中耕也利于散墑，降低土壤濕度。

科學追施肥料排水后往往造成土壤養分的流失，因此要適當追肥，補充土壤營養。棉株受損較輕的，要及早重施花鈴肥，巧施蓋頂肥。配合施用鉀肥，提倡施用棉花配方專用肥，做到開溝深施。

注意化控和及時修棉棉花受澇后易引起蕾鈴脫落，導致營養生長過旺，生殖生長失調。對此，要加強化控措施，同時要加強整枝修棉，減少新生葉枝和贅芽。

加強病蟲害綜合防治陰雨天氣較多，棉花易發生病害，要及時采取防治措施。